Pesquisadores lançam ferramenta web de identificação bacteriana

O desenvolvimento da ferramenta web, Ribopeaks, mostra o potencial da instituição para a pesquisa, e vai colocar a UEPG em uma posição de destaque nas análises de dados moleculares e taxonomia microbiana

Equipe do LABMOM/UEPG (esquerda para direita): professora Carolina W. Galvão, aluno Douglas Tomachewski e professor Rafael Mazer Etto

O trabalho de pesquisa de professores e alunos da Universidade Estadual de Ponta Grossa (UEPG) resultou no desenvolvimento da “Ribopeaks”, uma ferramenta web de classificação taxonômica de microrganismos baseados em dados de Espectrometria de Massa de células bacterianas (disponível em www.ribopeaks.com). Trata-se de projeto de pesquisa que foi tema da dissertação de mestrado de Douglas Tomachewskie, que se integra na linha de pesquisa em Bioinformática, coordenada pelo professor Rafael Mazer Etto, no Laboratório de Biologia Molecular Microbiana (Labmom) e do Programa de Pós-Graduação em Computação Aplicada (PPGCA-UEPG).

Como explica o professor Rafael Etto, a ferramenta web, Ribopeaks, identifica bactérias com uma sensibilidade maior que as técnicas de sequenciamento do gene 16S rRNA. Isso porque permite a classificação das bactérias até o nível de espécie ou estirpe, usando apenas os dados de Espectrometria de Massa. “Essa metodologia é mais rápida e tem um custo muito inferior que as outras técnicas moleculares utilizadas para taxonomia microbiana, constituindo-se em uma importante ferramenta, para as áreas, a exemplo da saúde, agronomia e biologia.

Interface da ferramenta web Ribopeaks, disponível para desktop, laptop, smartphone etc (FONTE: Tomachewski et al., 2018)

Publicação, Colaboração e Apoio

Por se tratar de uma ferrmenta web que será acessada por pesquisadores do mundo inteiro, a expectativa do professor Etto é que a Ribopeaks também contribua para a internacionalização da UEPG. “A ferramenta vai colocar a UEPG em uma posição de destaque nas análises de dados moleculares e taxonomia microbiana”. O pesquisador ressalta que a importância dessa ferramenta web para a comunidade científica internacional reflete-se na sua publicação em um dos mais importantes periódicos de Bioinformática do mundo, a “Bioinformatics” da Oxford University Press, com Fator de Impacto (JCR) 7,307 (https://academic.oup.com/bioinformatics).

O trabalho foi publicado com o título ”Ribopeaks: a web tool for bacterialclassificationthrough m/z data fromribosomalproteins” (https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty215). Rafael Etto observa que o desenvolvimento desse software contou com a importante colaboração dos professores José Carlos Ferreira da Rocha, Arion de Campos Júnior e Alaine Margarete Guimarães do PPGCA-UEPG; e da professora Carolina Weigert Galvão, coordenadora do Labmom e vice-coordenadora do Programa Pós-Graduação (PPG) em Agronomia (mestrado e doutorado) da UEPG.

Douglas Tomachewski, bioinformata do Labmom-UEPG, destaca a experiência somada ao trabalhar ao lado de professores dedicados e entusiasmados com a pesquisa. Ressalta que essa dinâmica foi importante para a realização do seu trabalho. Entusiasmado com o impacto da publicação do estudo, o aluno já pensa em realizar o seu doutoramento pleno na Alemanha, na busca de fortalecer as parcerias internacionais da UEPG. O trabalho que permitiu o desenvolvimento da ferramenta web, Ribopeaks, mostra o potencial da UEPG para a pesquisa. No desenvolvimento da pesquisa, a instituição contou com o apoio do CNPq (Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico), Fundação Araucária, Capes (Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior) e MCT/INCT  da Fixação Biológica de Nitrogênio.

O Ribopeaks encontra-se depositado no servidor do Laboratório Computacional de Alto Desempenho da UEPG, coordenado pelo professor Luciano José Senger.

Gráfico resumindo o funcionamento do software Ribopeaks (FONTE: Tomachewski et al., 2018).